Investigadores del estado brasileño de Amazonas investigaron cómo la progresión de los brotes de COVID-19 en el estado fue impulsada por diferentes linajes del virus SARS-CoV-2. Entre el 16 de marzo de 2020 y el 13 de enero de 2021, los autores crearon 250 secuencias del genoma completo del SARS-CoV-2 a partir de diferentes muestras de pacientes en la región. Se identificaron cinco linajes; durante el primer pico a principios de mayo de 2020, el linaje B.1.195 dominó la prevalencia de cepas virales. Esta cepa fue reemplazada gradualmente por el linaje B.1.1.28 durante el verano, y rápidamente reemplazada por P.1, una variante de preocupación clasificada por los CDC, en diciembre de 2020. Entre diciembre de 2020 y enero de 2021, P.1 creció exponencialmente hasta convertirse en la cepa más prevalente en Amazonas. Los autores sugieren una relación entre los diferentes clados del SARS-CoV-2 y los protocolos de distanciamiento social en Amazonas. Concluyeron que el aumento de los valores de Re en diferentes clados se correlacionó con regulaciones de distanciamiento social más relajadas. También predijeron que la población de Manaos, la capital de Amazonas, alcanzó la inmunidad colectiva frente a la infección natural en octubre de 2020, lo que sugiere que la variante P.1 que causó el brote de diciembre de 2020 y el colapso del sistema de salud de Manaus evadió con éxito la inmunidad obtenida de infección previa con diferentes linajes de SARS-CoV-2. Los autores reconocen que su modelo puede haber sobreestimado la tasa de ataque del SARS-CoV-2 en Manaus y, por lo tanto, posiblemente sobreestimando la inmunidad natural en Manaus a finales de 2020.